Năm 13 tuổi, nhà nghèo nên anh phải nghỉ học, giúp gia đình bằng cách buôn bán từ trà đá cho đến bánh cam, khoai mì. Nhưng một năm sau, anh xin gia đình đi học lại và từ đó khá suôn sẻ.

Năm 18 tuổi, Công Ninh thi vào Trường Nghệ thuật Sân khấu II. Trong buổi thi năng khiếu, thấy anh thú thật, không kịp chuẩn bị tiểu phẩm, ban giám khảo châm chước, cho anh một tiểu phẩm để dự thi. Vào vai cậu bé đi chợ mua thuốc và khi về đến nhà, mẹ đã chết, anh diễn bằng tất cả bản năng để lột tả nỗi đau đớn. Ngặt nỗi, anh càng khóc, khán giả bên dưới càng cười. Anh khóc nhỏ, khán giả cười nhỏ. Anh khóc lớn, khán giả cười ầm. Nghĩ giấc mơ làm diễn viên đã tiêu tan, nhưng một tháng sau, anh nhận được giấy báo của trường và còn là á khoa.

Sau 4 năm học, Công Ninh tốt nghiệp loại xuất sắc. Thành tích này giúp anh giành được một trong hai suất học bổng du học. Năm 1984, anh lên đường sang Liên Xô, theo học khoa Đạo diễn sân khấu tại Đại học Sân khấu – Điện ảnh Leningrad (nay là Sankt-Peterburg) và lấy được bằng thạc sĩ.[1]

Chuyến du học 5 năm, nhưng hai lần suýt bị trả về nước. Lần đầu do anh làm mất hộ chiếu, bị giữ lại khu tập trung 1 tháng. Khoảng thời gian đó không khác gì cực hình vì buồn chán không có việc gì làm, vừa lo sợ bị gửi trả về nước. May mắn là sau khi có kết quả xác minh của Đại sứ quán Việt Nam tại Liên Xô, Công Ninh được cấp lại hộ chiếu. Năm học dự bị đầu tiên, do chưa quen với khí hậu lạnh của Liên Xô, Công Ninh thường dậy muộn, đi học trễ. Tình trạng này kéo dài liên tiếp nên khoa quyết định buộc anh thôi học, trở về nước. Lại một may mắn nữa đến với Công Ninh khi thầy trưởng khoa xin cho anh thêm cơ hội thử thách. Anh phải diễn một tiểu phẩm đủ sức thuyết phục các thầy cô cho ở lại. Công Ninh đã chọn diễn vai quan thanh tra Khlestakov trong tác phẩm Quan thanh tra của nhà văn Nikolai Vasilyevich Gogol. Công Ninh từng diễn tác phẩm này rất thành công trong bài thi tốt nghiệp tại Việt Nam nên anh rất tự tin. Nhờ sự lựa chọn thông minh, Công Ninh đã được ở lại và từ đó chuyên tâm học tập.